Sau cuộc bầu cử năm 1990 – cuộc bầu cử công bằng và tự do đầu tiên trên toàn nước Đức kể từ thời kỳ Cộng hoà Weimar  – Helmut Kohl giành một thắng lợi vang dội trước ứng cử viên đối lập bộ trưởng – chủ tịch Saarland, Oskar Lafontaine. Ông thành lập Nội các Kohl IV.

Sau cuộc bầu cử liên bang năm 1994 Helmut Kohl tái trúng cử với đa số mong manh. Ông đánh bại bộ trưởng-chủ tịch Rhineland-Palatinate Rudolf Scharping. Tuy nhiên SPD vẫn có được đa số trong Bundesrat, làm giới hạn khá lớn quyền lực của Thủ tướng Kohl. Về chính sách đối ngoại, Kohl thành công hơn, ví dụ giúp Frankfurt am Main trở thành nơi đặt trụ sở của Ngân hàng Trung ương châu Âu. Năm 1997, Kohl được nhận Giải thưởng Tầm nhìn châu Âu vì những nỗ lực của ông trong việc thống nhất châu Âu.

Tới cuối thập niên 1990, hào quang vây quanh Kohl phần lớn đã tắt khi tình trạng thất nghiệp gia tăng. Ông bị đánh bại nặng trong cuộc 1998 bầu cử liên bang bởi bộ trưởng-chủ tịch Hạ Saxony, Gerhard Schröder.

Vào ngày 17 tháng 8 năm 1991, nhân kỷ niệm ngày mất của vị vua, chiến binh lỗi lạc Friedrich II Đại Đế nước Phổ năm xưa, Thủ tướng Helmut Kohl tiến hành làm lễ an táng cho nhà vua tại điện Vô Ưu, cố đô Potsdam. Trước kia, nhà vua năm lần bảy lượt muốn được mai táng tại điện Vô Ưu cùng với những con chó săn thỏ yêu quý của mình, nhưng các vị vua kế tục không nghe theo đã táng nhà vua tại Nhà thờ,[6] sau này khi đất nước Đức biến động sau cuộc Chiến tranh thế giới lần thứ hai, người ta chuyển thi hài vua về thị trấn Hechingen.[7] Sự hiện diện của Kohl trong buổi lễ này gây ra nhiều tranh cãi.[8][9] Việc mai táng nhà vua tại điện Vô Ưu bị nhiều người phản đối, tỷ như nhà báo Rudolf Augstein. Có những người lo sợ rằng chủ nghĩa quân phiệt Phổ - Đức sẽ quay trở lại qua lễ táng vị vua Phổ xưa kia. Tuy nhiên, khảo sát trong các tờ báo và tạp chí khác cho thấy người Đức đã có thể yên tâm vì chủ nghĩa quân phiệt Phổ - Đức đã qua đi mãi mãi. Như vậy là cuối cùng, với lễ táng do Thủ tướng Kohl tổ chức, vị vua vĩ đại nhất của nước Phổ thuở xưa đã được yên nghỉ đúng tại cung điện mà nhà vua yêu thích cùng với những con thú cưng của mình, hai thế kỷ sau khi về cõi vĩnh hằng.[8][10][11][12]